Гербарий как отдельная коллекция стал формироваться с 1823 г., т.е. с момента организации Императорского ботанического сада и выделения коллекций бывшей Кунсткамеры в Ботанический музей Академии наук. Однако в фондах Гербария имеются и более старые коллекции, в частности, почти все собрания академических экспедиций XVIII в.
В XIX -- начале XX вв. шло интенсивное увеличение коллекций гербариев как ботанического сада, так и ботанического музея материалами многочисленных экспедиций как по территории России, так и за ее пределами. Большой вклад в пополнение Гербария внесли экспедиции Переселенческого управления.
В 1912-1914 г. для Гербария ботанического сада было построено новое специализированное здание, в котором коллекции сосудистых растений находятся до сих пор.
После объединения в 1931 г. Ботанического сада и Ботанического музея в Ботанический институт были объединены и их гербарные коллекции. На их базе в основном была создана фундаментальная "Флора СССР" (1934-1964).
Во второй половине XX века гербарий интенсивно пополнялся сборами многочисленных экспедиций по территории бывшего СССР и ряда зарубежных стран (Монголия, Вьетнам, Куба).
Важнейшие события в истории Гербария БИН РАН.
1717 г. - Петр Великий покупает для своей Кунсткамеры "кабинет натуралий" Рюиша (Голландия), в котором есть и боразцы растений
1728-1808 гг. - Во время академических экспедиций со всей территории России (и частью за ее пределами) собраны крупные гербарные коллекции (Й. Гмелин, Г. Штеллер, Й. Амман, С.П. Крашенинников, С.-Г. Гмелин, П.-С. Паллас и др.). Они хранятся в Кунсткамере.
1808 г. - П.-С. Паллас продает вметсе со своим личным гербарием в Англию важную часть коллекций Кунсткамеры (Й. Гмелин, Й. Амман и др.), с которыми он работал в последние годы пребывания в России (в Крыму).
1813-1815 гг. - Я.В.Петров и И.П. Протопопов приводят в порядок Гербарий Медицинского сада Медико-Хирургической академии (Ранее - Аптекарского огорода). Они насчитывают в гербарии до 6040 видов семенных растений.
1823 г. - Академик К.-Б. Триниус объединяет все уцелевшие гербарные коллекции Кунсткамеры в одно собрание, отмечая, что многое утрачено.
1823-1825 гг. - Ф.Б. Фишер объединяет воедино в Ботаническом саду гербарные коллекции Медицинского сада Медико-Хирургической академии (но не ее ботанического кабинета) с приобретенным для Ботанического сада в 1822 г. гербарием Ф. Стефана (Штефана) и частью гербария Горенского ботанического сада графа А.К. Разумовского, которую Фишер привез с собой в етербург. Этот гербарий стал основой Гербария Императорского Санкт-Петербургского ботанического сада. Вместе с ним хранится и богатый личный гербарий Ф.Б. Фишера.
В открытый как особое учреждение Ботанический кабинет Санкт-Петербургской Академии наук поступает основная часть коллекций Горенского ботанического сада графа А.К. Разумовского (кроме отобранных Фишером для Ботанического сада) и часть коллекции московского профессора ботаники Г.Ф. Гофмана. Вместе с остатками коллекций Кунсткамеры они образуют основу гербария будущего Ботанического музея.
1828 г. - Ботанический кабинет получает богатейшую коллекцию Ф. Маршалла (барона Биберштейна), бывшую основой для написания классической "Флоры крымско-кавказской".
1829-1834 гг. В Гербарий Императорского Ботанического сада поступают коллекции Н.С. Турчанинова из Восточной Сибири и Северной Монголии, собранные им во время путешествий, совершенных на средства Ботанического сада.
1832 г. - Императорский Ботанический сад приобретает коллекции проф. К. Мертенса (до 35 000 видов семенных растений в примерно 100 000 экз.).
1841 г. - В Ботанический сад начинают поступать гербарные коллекции А.И. Шренка из Казахстана и Джунгарии и одновременно - обменные коллекции Г.С. Карелина и И.П. Кирилова, путешествующих по Джунгарии от Московского общества испытателей природы.
1841 г. - К.-Б. Триниус жертвует Ботаническому музею свою коллекцию злаков мировой флоры (более 4000 видов), а остальная часть его гербария идет в Московский университет. Ботанический музей покупает также коллекцию немецкого ботаника, путешественника и поэта А. Шамиссо (более 10 000 видов).
1841-1842 гг. - Ботанический сад приобрел коллекцию проф. Шрадера (около 10 000 видов).
1844 г. - К.А. Мейер начинает в Ботаническом саду (и в Академии наук) издание "Материалов к ближайшему познанию прозябаемости [растительного мира] Российской империи" - серии списков растений, собранных в разных районах России.
1850 г. - Ботанический сад приобретает коллекции проф. К.-Ф. Ледебура, на основе которых в основном была написана первая "Флора Российской империи" - "Flora Rossica" (более 5000 видов).
1855-1868 гг. - В Гербариях Ботанического сада и Ботанического музея идет обработка коллекций, собранных на Дальнем Востоке России Р. Мааком, К.И. Максимовичем, Ф.Б. Шмидтом и др., завершающаяся выходом нескольких флористических сводок, в том числе классической работы К.И. Максимовича "Primitae florae amurensis" (1859).
1871 г. - Э.Л. Регель начинает выпуск "Трудов С.-Петербургского Ботанического сада" ("Acta Horti Petropolitani").
1872-1910 гг. - в Ботанический сад поступают огромные коллекции из Центральной Азии и Западного Китая, собранные в экспедициях Русского геграфического общества под руководством Н.М. Пржевальского, М.В. Певцова, В.И. Роборовского, Г.Н. Потанина, П.К. Козлова, а также путешествовавших с ними ученых - П.Я. Пясецкого, Г.Е. Грум-Гржимайло, Д.А. и Е.Н. Клеменц, А.Э. Регеля.
1898 г. - С.И. Коржинский и Д.И. Литвинов в Ботаническом музее начинают издание эксикат Гербария флоры России.
1908-1916 гг. - В Ботанический сад поступают обширные коллекции ботаников и почвоведов, работавших в разных районах России по заданию Переселенческого управления.
1913 г. - Н.А. Буш начинает издание "Флоры Сибири и Дальнего Востока" в Ботаническом музее АН.
1921 г. - Б.А. Федченко начинает издавать "Систематические заметки по Гербарию Петроградского Ботанического сада" (Notulae systematicae ex Herbario Horti Botanici Petropolitani) - основное издание, где описывались новые виды растений по материалам гербариев Петрограда-Ленинграда (затем называлось "Ботанические материалы Гербария БИН" и "Новости систематики высших растений").
1931 г. - Объединение Главного ботанического сада СССР (Ленинград) и Ботанического музея АН СССР (Ленинград) в Ботанический институт Академии наук СССР.
1932 г. - Завершение объединения Гербария Ботанического института АН СССР. По подсчетам, в Гербарии около 4 000 000 образцов (гербарных листов).
1933-1934 гг. Подготовка и выпуск первого тома "Флоры СССР" - полного описания сосудистых растений, дикорастущих на территории СССР. Издание было закончено через 30 лет.
1963 г. - Начало издания "Растений Центральной Азии".
1965 г. - Окончание издания "Флоры СССР" (тома I-XXX) - крупнейшего законченного флористического проекта XX в. в мире, содержащего описания более чем 17 500 видов сосудистых растений.
1973 г. - Опубликованы "Дополнения и изменения к "Флоре СССР" (т. I-XXX)", собранные С.К. Черепановым.
1974 г. - начало издания сводки "Флора европейской части СССР" (затем "Флора Восточной Европы").
1995 г. - опубликована на английском языке, а затем и на русском сводка С.К. Черепанова "Сосудистые растения России и сопредельных государств (в пределах бывшего СССР)" - номенклатурный чек-лист всех найденных в пределах бывшего СССР видов и подвидов (преимущественно дикорастущих) сосудистых растений (23 600 названий).
2003 г. - вышел в свет первый выпуск "Конспекта флоры Кавказа".
2004 г. - вышел в свет последний из планировавшихся (11) том сводки "Флора Восточной Европы". Запланирована подготовка "Критического конспекта флоы Восточной Европы", содержащего исправленный и дополненный аннотированный список всех известных с территории таксонов.