Морфология и филогения Diderma aurantiacum (Myxomycetes) — нового вида для России с Дальнего Востока

В. И. Гмошинский, Ю. К. Новожилов, И. С. Приходько, Ф. М. Бортников, О. Н. Щепин, М. Шниттлер

DOI: https://doi.org/10.31111/nsnr/2023.57.1.27

Полный текст статьи

Резюме

В ходе ревизии коллекции миксомицетов Микологического гербария Ботанического института им. В. Л. Комарова РАН (LE) было обнаружено два образца редкого вида Diderma aurantiacum, собранные в Сихотэ-Алинском государственном заповеднике и в национальном парке «Земля Леопарда» (Приморский край, Дальний Восток России). Это первые находки данного вида за пределами Японских островов. Diderma aurantiacum характеризуется плотным, хрящевидным тускло-оранжевым перидием, который растрескивается на звездчатые фрагменты при созревании, небольшой шаровидной колонкой, слабо ветвящимися темными нитями капиллиция со светлыми окончаниями и бородавчатыми спорами, бородавочки на поверхности которых формируют группы. Впервые приводятся цветные фотографии спорокарпов и структур капиллиция этого вида. Сравнение частичных нуклеотидных последовательностей генов nrSSU (18S rDNA) и EF1α показало значительное отличие образцов с Дальнего Востока России от других представителей рода Diderma.

Ключевые слова: Amoebozoa, Didymiaceae, Leangium, Physarales, иллюстрации, слизевики, филогения, Дальний Восток, Приморский край, Россия

Рубрика: Грибы

Цитирование статьи

Гмошинский В. И., Новожилов Ю. К., Приходько И. С., Бортников Ф. М., Щепин О. Н., Шниттлер М. 2023. Морфология и филогения Diderma aurantiacum (Myxomycetes) — нового вида для России с Дальнего Востока. Новости систематики низших растений 57(1): 27–42. https://doi.org/10.31111/nsnr/2023.57.1.27

Поступила в редакцию 31 января 2023. Принята к публикации 10 марта 2023. Опубликована 2 апреля 2023

Литература

Adamonyte G., Stephenson S. L., Michaud A., Seraoui E.-H., Meyer M., Novozhilov Y. K., Krivomaz T. 2011. Myxomycete species diversity on the island of La Réunion (Indian Ocean). Nova Hedwigia 92: 523–549. https://doi.org/10.1127/0029-5035/2011/0092-0523

Emoto Y. 1977. The Myxomycetes of Japan. Tokyo: 263 p.

Farr M. L. 1971. Two undescribed Myxomycetes from Argentina. Mycologia 63 (3): 634–639. https://doi.org/10.1016/j.ympev.2007.12.011

Fiore-Donno A. M., Meyer M., Baldauf S. L., Pawlowski J. 2008. Evolution of dark-spored Myxomycetes (slime-molds): molecules versus morphology. Molecular Phylogenetics and Evolution 46: 878–889. https://doi.org/10.1111/j.1550-7408.2005.00032.x

Fiore-Donno A. M., Nikolaev S. I., Nelson M., Pawlowski J., Cavalier-Smith T., Baldauf S. L. 2010. Deep phylogeny and evolution of slime moulds (Mycetozoa). Protist 161: 55–70. https://doi.org/10.1016/j.protis.2009.05.002

Fiore-Donno A. M., Novozhilov Y. K., Meyer M., Schnittler M. 2011. Genetic structure of two protist species (Myxogastria, Amoebozoa) suggests asexual reproduction in sexual amoebae. PLoS ONE 6(8): e22872. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0022872

Fiore-Donno A. M., Tice A. K., Brown M. W. 2019. A non-flagellated member of the Myxogastria and expansion of the Echinosteliida. Journal of Eukaryotic Microbiology 66: 538–544. https://doi.org/10.1111/jeu.12694

Geo A., Rex M. D. 1893. New North American Myxomycetes. Proceedings of the Academy of Natural Sciences of Philadelphia 45(2): 364–372.

Harakon Y., Li Y., Ooga S. 2005. Myxomycetes of the Kyushu University Forests. Bulletin of the Kyushu University Forests 86: 33–54. https://doi.org/10.15017/14855

Hoang D. T., Chernomor O., von Haeseler A., Minh B. Q., Vinh L. S. 2018. UFBoot2: Improving the Ultrafast Bootstrap Approximation. Molecular Biology and Evolution 35(2): 518–522. https://doi.org/10.1093/molbev/msx281

Huelsenbeck J. P., Ronquist F. 2001. MrBayes: Bayesian inference of phylogeny. Bioinformatics 17: 754–755. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/17.8.754

Ing B. 1999. The myxomycetes of Britain and Ireland. London: 374 p.

Kalyaanamoorthy S., Minh B. Q., Wong T. K. F., von Haeseler A., Jermiin L. S. 2017. ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates. Nature Methods 14: 587–589. https://doi.org/10.1038/nmeth.4285

Katoh K., Standley D. M. 2013. MAFFT multiple sequence alignment software version 7: improvements in performance and usability. Molecular Biology and Evolution 30: 772–780. https://doi.org/10.1093/molbev/mst010

Katoh K., Rozewicki J., Yamada K. D. 2019. MAFFT online service: multiple sequence alignment, interactive sequence choice and visualization. Briefings in Bioinformatics 20(4): 1160–1166. https://doi.org/10.1093/bib/bbx108

Lado C. 2005–2023. An on line nomenclatural information system of Eumycetozoa. Real Jardin Botanico, CSIC. Madrid, Spain. http://www.nomen.eumycetozoa.com (Date of access: 15 I 2023).

Lado C., Wrigley De Basanta D., Estrada-Torres A., Stephenson S. L., Treviño I. 2019. Diversity of Myxomycetes in arid zones of Peru part II: the cactus belt and transition zones . Anales del Jardín Botánico de Madrid 76 (2): e083. https://doi.org/10.3989/ajbm.2520

Lado C., Treviño-Zevallos I., García-Martín J. M., Wrigley de Basanta D. 2022. Diachea mitchellii: a new myxomycete species from high elevation forests in the tropical Andes of Peru. Mycologia 114: 798–811. https://doi.org/10.1080/00275514.2022.2072140

Leontyev D. V., Schnittler M., Stephenson S. L., Novozhilov Yu. K., Shchepin O. N. 2019. Towards a phylogenetic classification of the Myxomycetes. Phytotaxa 399(3): 209–238. https://doi.org/10.11646/phytotaxa.399.3.5

Link H. F. 1809. Observationes in Ordines plantarum naturales I. Anandrarum ordines Epiphytas, Mucedines, Gastromycos et Fungos. Der Gesellschaft Naturforschender Freunde zu Berlin 3: 3–42.

Lister A., Lister G. 1911. A monograph of the Mycetozoa. London: 302 p.

Liu Q. S., Yan S. Z., Chen S. L. 2015. Further resolving the phylogeny of Myxogastria (slime molds) based on COI and SSU rRNA genes. Genetika 51: 46–53. https://doi.org/10.7868/S0016675814110071

MacBride T. J. 1899. The North American slime-moulds. London: 269 p.

Martin G. W., Alexopoulos C. J. 1969. The Myxomycetes. Iowa City: 561 p.

Miller M. A., Pfeiffer W., Schwartz T. 2010. Creating the CIPRES Science Gateway for inference of large phylogenetic trees. Gateway Computing Environments Workshop (GCE): 1–8. https://doi.org/10.1109/GCE.2010.5676129

Nannenga-Bremekamp N. E. 1968. Notes on myxomycetes XVI. Remarks on some species of Diderma. Proceedings of the Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen. Ser. C, Biological and medical sciences 71(2): 189–200.

Nannenga-Bremekamp N. E. 1989. Notes on Myxomycetes XXIII. Seven new species of Myxomycetes. Proceedings of the Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen. Ser. C, Biological and medical sciences 92(4): 505–515.

Nannenga-Bremekamp N. E., Yamamoto Y. 1990. Additions to the Myxomycetes of Japan. Proceedings of the Koninklijke Nederlandse Akademie van Wetenschappen. Ser. C, Biological and medical sciences 93(3): 265–280.

Nguyen L. T., Schmidt H. A., von Haeseler A., Minh B. Q. 2015. IQ-TREE: a fast and effective stochastic algorithm for estimating maximum-likelihood phylogenies. Molecular Biology and Evolution 32(1): 268–274. https://doi.org/10.1093/molbev/msu300

Novozhilov Yu. K., Okun M. V., Erastova D. A., Shchepin O. N., Zemlyanskaya I. V., García-Carvajal E., Schnittler M. 2013. Description, culture and phylogenetic position of a new xerotolerant species of Physarum. Mycologia 105: 1535–1546. https://doi.org/10.3852/12-284

Novozhilov Yu. K., Mitchell D. W., Okun M. V., Shchepin O. N. 2014. New species of Diderma from Vietnam. Mycosphere 5(4): 554–564. https://doi.org/10.5943/mycosphere/5/4/8

Novozhilov Yu. K., Schnittler M., Erastova D. A., Shchepin O. N. 2017. Myxomycetes of the Sikhote Alin State Nature Biosphere Reserve (Far East, Russia). Nova Hedwigia 104(1–3): 183–209. https://doi.org/10.1127/nova_hedwigia/2016/0394

Novozhilov Yu. K., Prikhodko I. S., Shchepin O. N. 2019. A new species of Diderma from Bidoup Nui Ba National Park (southern Vietnam). Protistology 13: 126–132. https://doi.org/10.21685/1680-0826-2019-13-3-2

Okonechnikov K., Golosova O., Fursov M., UGENE team. 2012. Unipro UGENE: a unified bioinformatics toolkit. Bioinformatics 28: 1166–1167. https://doi.org/10.1093/bioinformatics/bts091

Person C. H. 1794. Dispositio methodica fungorum. Neues Magazin für die Botanik 1: 81–128.

Poulain M., Meyer M., Bozonnet J. 2011. Les Myxomycétes. Tome 1, guide de determination. Sévrier: 568 p.

Prikhodko I. S., Shchepin O. N., Bortnikova N. A., Novozhilov Yu. K.,Gmoshinskiy V. I., Moreno G., López-Villalba Á., Stephenson S. L., Schnittler M. 2023. A three-gene phylogeny supports taxonomic rearrangements in the family Didymiaceae (Myxomycetes). Mycological Progress 22: 11. https://doi.org/10.1007/s11557-022-01858-1

Rambaut A., Drummond A. J., Xie D., Baele G., Suchard M. A. 2018. Posterior summarization in Bayesian phylogenetics using Tracer 1.7. Systematic Biology 67: 901–904. https://doi.org/10.1093/sysbio/syy032

Ronikier A., Janik P., de Haan M., Kuhnt A., Zankowicz M. 2022. Importance of type specimen study for understanding genus boundaries – taxonomic clarifications in Lepidoderma based on integrative taxonomy approach leading to resurrection of the old genus Polyschismium. Mycologia 114(6): 1008–1021. https://doi.org/10.1080/00275514.2022.2109914

Vaidya G., Lohman D. J., Meier R. 2011. SequenceMatrix: concatenation software for the fast assembly of multi-gene datasets with character set and codon information. Cladistics 27: 171–180. https://doi.org/10.1111/j.1096-0031.2010.00329.x

Yamamoto Y. 1998. The myxomycete biota of Japan. Tokyo: 700 p.

Yano M., Yano K., Yamamoto Y., Orihara T. 2017. Myxomycete biota of Izu Peninsula, Central Japan. Bulletin of the Kanagawa Prefectural Museum, Natural Science 46: 25–38.

Дополнительные материалы

Приложение.
NSNR_2023_57(1)_Gmoshinskiy_et_al_Supplement