Перечень имеющихся методик и методов выполнения исследований в ЦКП БИН РАН

Методы флуоресцентной и конфокальной микроскопии

Приготовления срезов фиксированного биологического материала в различных заключающих средах (парафины, полиэтиленгиликоли, эпоксидные смолы).

Приготовление срезов биологических образцов без предварительной фиксации/замораживания с помощью автоматического микротома с вибрирующим лезвием.

Локализация белков (продуктов экспрессии генов интереса) на срезах биологического материала путем иммуноцитохимии.

Изучение методами световой микроскопии: дифференциальный интерференционного контраст (неокрашенные прозрачные объекты), проведение микроскопии в светлом поле (микроскопия окрашенных препаратов).

Лазерная сканирующая конфокальная микроскопия на базе LSM 780 (Carl Zeiss, Германия). Получение оптических срезов микроскопических объектов, их 3D-реконструкция (ZENpro, AxioVision Inside4D, Carl Zeiss, Германия), интерактивные и автоматизированные измерения 3D объектов.

Флуоресцентная микроскопия: широкопольная флуоресцентная микроскопия, программная деконволюция, структурированное освещение (блок ApoTome – аппаратное контрастирование и деконволюция), многоцветная многоканальная флуоресценция с использованием широкополосных и комбинации узкополосных фильтров.

Полнофункциональный анализ микроскопического изображения: морфологический анализ, количественные методы, эксперименты во времени, статистическая обработка, FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer), FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching) и др. (с применением полного пакета программных модулей ZEN, Carl Zeiss, Германия).

Использование аттестованных количественных методов фирмы Carl Zeiss, (Германия) для количественного анализа флуоресцентных сигналов при использовании методов FISH, CGH, MFISH и др. на препаратах биологических объектов, а также для интерактивного кариотипирования.

Наблюдение и документация морфологических структур с применением стереомикроскопов (SteREO Discovery.V20, Stemi-2000CS, Carl Zeiss, Германия) и широкого спектра источников освещения (проходящего и падающего света), использование программных модулей расширенного фокуса и HDR съемки.

Наблюдение и документация морфологических структур с применением флуоресцентного стереомикроскопа (SteREO Lumar.V12), многоцветная флуоресценция с использованием узкополосных фильтров.

Компьютерная обработка и анализ изображений, подготовка материалов к публикации.

Методы электронной микроскопии

Подготовка материала к исследованию с использованием просвечивающей электронной микроскопии высокого разрешения. Приготовления полутонких, тонких и ультратонких срезов фиксированного биологического материала. Окраска и контрастирование срезов.

Метод исследования ультраструктуры растительных и грибных объектов с использованием просвечивающей электронной микроскопии высокого разрешения.

Иммунолокализация белков на ультратонких срезах методами иммуноголд.

Определение локализации экспрессии генов интереса путем гибридизации РНК-РНК in situ с использованием зондов на ультратонких срезах.

Исследования морфологии поверхности биологических объектов с использованием сканирующей электронной микроскопии.

Исследование элементного состава образцов с использованием сканирующей электронной микроскопии.

Молекулярно-генетические методы

Определение локализации экспрессии генов интереса путем гибридизации РНК-РНК in situ с использованием зондов. Создания РНК зондов путем in vitro транскрипции.

Выделение ДНК, мРНК из растительных и грибных объектов, методы обратной транскрипции, амплификация кДНК с помощью ПЦР.

Измерение концентраций нуклеиновых кислот и белков в растворах методом спектрофотометрии.

Клонирование ПЦР-продуктов и фрагментов ДНК, выделенных рестрикцией.

Трансформации лабораторных штаммов E.coli, Agrobacterium tumefaciens, Agrobacteirum rhizogenes.

Выделение и очистка плазмидной ДНК для секвенирования.

Электрофоретическое разделение двухцепочечных фрагментов ДНК и одночепочечных фрагментов РНК в агарозных гелях, детекция и компьютерный анализ гелей.

Определение нуклеотидной последовательности ПЦР-продуктов и плазмидных ДНК на автоматическом секвенаторе ABI 3500 (Thermo Fisher Scientific, США).

Методы молекулярной систематики

Молекулярно-генетический анализ различных систематических групп растений: выделение ДНК из живого и гербарного материала, амплификация фрагментов генов, их секвенирование, молекулярно-филогенетический анализ изучаемых групп (математическая обработка секвенированных последовательностей с использованием пакета анализа MEGA (Center for Evolutionary Functional Genomics, Arizona State University, США), аналитического программного обеспечения Sanger Institute и др.